براساس مصوبه شماره6440 مورخ 28/7/1364مجلس محترم شورای اسلامی و تشکیل وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی(1364) و متعاقب جدا شدن دانشگاه علوم پزشکی تهران از دانشگاه تهران دفتر حقوقی علوم پزشکی نیز از سال(1368) بطور رسمی فعالیت خود را آغاز کرد هیئت رئیسه دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی و درمانی در مورخ 20/1/1376 نمودارسازمانی را تصویب نمود.

با توجه به نیاز دانشگاه به ایجاد دفتر حقوقی در دانشگاه با توجه به نامه شماره 720/5/الف مورخ 31/2/1375 دفتر تشکیلات وزارت متبوعه مقرر گردید که نسبت به اصلاح ساختار سازمانی در سطح  مدیریت های اعلام شده بود با تغییر مدیریت تربیت بدنی به اداره تربیت بدنی زیر نظر معاونت دانشجوئی و همچنین ایجاد مدیریت حقوقی بجایگزینی مدیریت تربیت بدنی تحت نظر معاونت پشتیبانی موافقت بعمل آمد و از سال 1376 بعنوان یک اداره مستقل در زیر مجموعه معاونت پشتیبانی به فعالیت خود ادامه داده که مجموعه این فعالیت‌ها در  راستای حفظ و استیفا و جلوگیری از تضییع حقوق و منافع دانشگاه در سطوح و ابعاد مختلف می‌باشد.

دفتر حقوقی در کلیه امور حقوقی ستاد دانشگاه – واحدهای تابعه شامل معاونتها- واحدهای آموزشی(دانشکده‌ها)- بیمارستانها- شبکه‌های بهداشتی درمانی… همکاری- نظارت- رسیدگی و اقدام می‌نماید. این اقدامات در مجموعه‌ای از فعالیت‌ها در زمینه امور قضایی(کیفری و حقوقی)، ثبتی، املاک، قراردادها و اسناد متعهدین و بورسیه‌ها و مکاتبات و مشاوره‌های حقوقی پاسخ به سوالات و… می‌باشد که مختصراً به آن اشاره می‌شود.